ساختار سازمانی مرکز تحقیقات زیرساختهای صنعت حمل و نقل کشور به شرح ذیل می باشد که در حال حاضر آقای دکتر منصور فخری ریاست مرکز تحقیقات و نیز سرپرستی گروه تحقیقاتی روسازی را به عهده دارند. همچنین آقای دکتر محمد سعید منجم گروه تحقیقاتی طرح هندسی را سرپرستی می نمایند.